اقدامات بهائیت برای فشار بر نظام اسلامی از طریق کشورهای بیگانه و مجامع بین‌المللی، مانند سازمان جهانی کلیساها و سازمان حقوق بشر ادامه داشت تا اینکه دادستان کل انقلاب اسلامی در سال 1362 با صدور اعلامیه‌ای، از بازداشت چند نفر از بهائیان به اتهام جاسوسی برای بیگانگان خبر داد و هر نوع فعالیت تشکیلاتی فرقۀ ضاله را در کشور ممنوع و عضویت افراد در آن تشکیلات را جرم انگاشت.

اطاعت مزورانه

محفل بهائیان در ایران به اعلامیه دادستانی فوری واکنش نشان داد و در اعلامیه‌ای که به طور گسترده منتشر کرد، به انتقاد شدید از اظهارات دادستان و دفاع از متهمان بهائی پرداخت و در عین حال، در اقدامی مزوّرانه، تشکیلات بهائیت در ایران را تعطیل اعلام کرد. در این اعلامیه، محفل ملی بهائیان با تبرئۀ بهائیت از جنایات گذشته و ایراد اتهاماتی بر ضد جمهوری اسلامی تأکید کرد:

... جامعۀ بهائیان ایران برای اثبات حسن نیت و بر اساس اصول اعتقادی خویش در اطاعت تام از اوامر دولت و حکومت که مبانی آن قبلاً در این بیانیه تشریح شد، تعطیل تشکیلات بهائی را در سراسر ایران اعلام می‌دارد و از این پس تا زمانی که ان‌شاءالله سوءتفاهمات برطرف شود و حقایق، لااقل بر ولاة امور روشن و آشکار شود، محفل ملی و کلیۀ محافل روحانیه محلیۀ و لجنات تابعۀ آنها تعطیل است و هیچ فردی عضو تشکیلات بهائی شناخته نمی‌شود.

اگرچه در ایران به دلیل تخلف از قانون و گسترش فعالیت تشکیلاتی و تبلیغاتی، سران بهائیت به زندان محکوم شدند و تشکیلات آن نیز در سال 1362 اعلام تعطیلی کرد؛ اما فعالیت مخفی آن همچنان ادامه داشت؛ بنابراین تشکیلات بهائیان در همین اعلامیه پایان فعالیت به ظاهر رسمی، از یک‌سو مدعی اطاعت از حکومت است؛ ولی از سوی دیگر، چنانکه در اسناد یاد شده آمد، با دشمنان قسم‌خوردۀ انقلاب اسلامی مراوده دارد و به دنبال فشار بر ایران از طریق مجامع جهانی است. 

تلاش در جهت نفوذ در جمهوری اسلامی با حمایت آمریکا   

دولت آمریکا که در ابتدا از حمایت آشکار از این فرقه هراس داشت، پس از تسخیر لانۀ جاسوسی و مشاهدۀ برخورد جدی جمهوری اسلامی با اقدامات خرابکارانۀ این فرقه، از جمله جاسوسی برای بیگانگان، به طور رسمی وارد گود حمایت از آنان شد و ریگان، رئیس‌جمهور وقت آمریکا، با صراحت به حمایت از بهائیان دستگیر شده پرداخت و دادگاه‌های انقلاب اسلامی را به علت‌ صدور حکم مبنی بر حبس و اعدام جمعی از سران این فرقه به جرم جاسوسی، محکوم کرد.

امام خمینی(ره) نیز در نطقی کوبنده، جانبداری ریگان از بهائیان دستگیر شده را دلیل بر وابستگی سیاسی آنان به امپریالیسم آمریکا شمرد و آن را مشابه حمایت سوسیال‌امپریالیسم شوروی از سران بازداشت‌ شدۀ حزب توده دانست که در واقع، جنبۀ حمایت ارباب از خادمان خود را دارد:

اگر دلیل ما نداشتیم به اینکه [اینها] جاسوس آمریکا هستند جز طرفداری ریگان از آنها و دلیلی نداشتیم که حزب توده جاسوس هستند، جز طرفداری شوروی از آنها، [برای اثبات مدعای ما] کافی بود ... . بهائی‌ها، یک مذهب نیستند؛ یک حزب هستند؛ یک حزبی که در سابق، انگلستان پشتیبانی آنها را می‌کرد و حالا هم آمریکا دارد پشتیبانی می‌کند. اینها هم جاسوسند، مانند آنها.

از آن پس، آمریکا بعد از رژیم صهیونیستی، دومین پایگاه فرقۀ بهائیت شد و با حمایت این کشور، فرقۀ بهائیت به عضویت سازمان‌های وابسته به سازمان ملل و مجامع حقوق بشری درآمد و از این طریق به فشار بر جمهوری اسلامی ادامه داد. بخشی از قطعنامه‌های ضدایرانی که با نام حمایت از حقوق بشر در سال‌های اخیر منتشر می‌شود، مربوط به بهائیان است و این بیانگر نفوذ آنان در این مجامع است.

در داخل ایران نیز با پایان یافتن جنگ و اولویت یافتن برنامه‌های توسعۀ غربی و در پیش گرفتن سیاست تسامح و تساهل از سوی دولت‌ها، فضای تنفسی برای بهائیان به وجود آمد. تشکیلات بهائیت در این دوران توانست در حوزه‌های فرهنگی و اقتصادی اقدام به سرمایه‌گذاری‌هایی کند و فعالیت‌های تشکیلاتی خود را انسجام بخشد. این روند با روی کار آمدن دولت اصلاحات و ترویج سکولاریسم و پلورالیسم و طرح شعار «ایران برای همۀ ایرانیان» شدت بیشتری یافت.

دیان علایی، نمایندۀ جامعۀ جهانی بهائی‌ها در سازمان ملل، با مقایسۀ سیاست دولت‌های خاتمی و احمدی‌نژاد در قبال بهائیت می‌نویسد:

«در دوران آقای خاتمی، سیاست‌های دولت در رابطه با حقوق بهائیان، در دو مورد ظاهراً تغییر کرد. یکی از این موارد، در رابطه با حقوق شهروندی بود که توسط مجمع تشخیص مصلحت نظام در سال ۱۳۷۷ تصویب شد... تنها نتیجۀ مثبت وجود چنین قانونی، تغییر در وضعیت حق ثبت ازدواج بهائیان است. زوج‌های بهائی که به دلیل ممنوعیت ثبت ازدواج، زندگی مشترک‌شان غیرقانونی و فرزندان‌شان نامشروع تلقی می‌شدند، توانستند از حق قانونی ثبت ازدواج برخوردار شوند.»

در سال 1387 نیز آقای منتظری با صدور فتوایی، از حقوق شهروندی بهائیان دفاع کرد. این فتوا مورد استقبال بهائیان قرار گرفت. دیان علایی به رادیو فردا گفت: «فتوای آیت‌الله منتظری دربارۀ اینكه بهائیان هم مثل هر ایرانی دیگری حق شهروندی دارند، واقعاً قدم خیلی مهمی در تاریخ بود.»

نقش‌آفرینی بهائیت در فتنه ها وآشوبهای خیابانی

ادامۀ این روند سبب شد که بهائیان، فعالیت سیاسی گسترده‌تری داشته باشند و در فتنۀ 88 به طور رسمی وارد عرصۀ مقابله با نظام اسلامی شوند. اعترافات عوامل بهائی فعال در فتنۀ 88 را مرکز اسناد انقلاب اسلامی در سال 1390 در کتابی با نام «مجموعه اعترافات فتنه هشتادوهشت (جلد اول) نقش بهائیت در فتنۀ 88» منتشر کرده است. 

حضور در موج سواری بر اعتراضات خیابانی و به آشوب کشاندن این اعتراضات حتی در اعتراضات اخیر کشاورزان اصفهانی در سال 1400 قابل مشاهده بود

بنابراین، بهائیت به دلایلی چون فروپاشی رژیم پهلوی‌ـ که حامی و در واقع در چنگ آنان بود‌ـ افشای خیانت‌ها و روابط آنان با بیگانگان، آگاهی برخی از اعضا و روی‌گردانی از این فرقه، برقراری نظام اسلامی به رهبری شخصیتی که چندین دهه با آنها مبارزه کرده بود و...، در دورۀ پس از انقلاب در ایران با افول بسیاری مواجه شد و با اتکا به بیگانگان‌ـ که از ابتدا متکی به آنان بودـ درصدد جبران این شکست برآمد و به مقابله با جمهوری اسلامی در عرصه‌های سیاسی، فرهنگی و رسانه‌ای و به ‌طورکلی به جنگ نرم  پرداخته است.